Bahagian Pengurusan Projek merupakan sebuah bahagian yang baharu ditubuhkan dan diletakkan di bawah Jabatan Kewangan, Lembaga Amanah Kebajikan Masjid Negeri Sarawak. Walaupun ianya masih baru, Bahagian ini memiliki kapasiti tenaga kerja yang bekemahiran tinggi dalam pengurusan projek dan teknikal. Bahagian ini berperanan dalam pengurusan projek dari aspek  perancangan, pelaksanaan, kawalan dan pengawasan, serta penamatan projek. Selain itu, bahagian ini turut bertanggungjawab dalam mana-mana projek di mana LAKMNS mempunyai kepentingan di dalamnya.

Bahagian Pengurusan Projek akan sentiasa memberikan sokongan dari segi pelaksanaan projek, di samping menyediakan platform yang lebih baik pada masa hadapan.